将怕水的残留物埋在一起，观察能量下降。
你会得到一条残基链，有些是疏水性的（H），有些不是。将其折叠在网格上，这样疏水残基就会聚集成一个埋藏的核心——每个不相邻的 H-H 对最终接触都会降低结构的能量。达到最低能量来解决它。
蛋白质折叠是一个生物化学难题，其基础是蛋白质如何围绕疏水核心折叠，这是赋予蛋白质形状的原理。
折叠一条由疏水残基和极性残基组成的链，使疏水残基埋入一个内核之中，并为每一个非相邻的H-H接触计分，这就是蛋白质折叠的HP格点模型。
直接为被埋藏的接触计分，是本作原创的简化。
这是一种保留了本质物理的大胆简化。疏水效应——非极性基团聚集在一起，因为这样能使周围的水的熵最大化——是驱使蛋白质成形的主导力量，所以一个几乎不包含其他任何东西的模型，仍然能产生可以辨认出的、类似蛋白质的折叠。
蛋白质折叠是围绕疏水核心蛋白质折叠模型构建的生物化学难题。这是一款为 PlayPendium 内部制作的原创免费网页游戏。